自来也与长门的战斗，双方都没有留情，在用幻术蛤蟆临唱控制了佩恩三道后，自来也毫不犹豫的干掉了他们，他以为长门就在其中；而佩恩六道偷袭得手，抓住机会后，也立刻杀死了自来也。这是两种意志的针锋相对，没有回旋的余地。自来也死后，长门和小南对木叶村再无任何顾忌，正好此时鼬和带土的协议也终止，于是他们一鼓作气，直接进攻木叶，但他们不知道，九尾人柱力鸣人此时不在木叶村。这场战争中，小南一直在打探九尾的情报，但一无所获，鸣人此时正在妙木山修行仙术，这是最高机密。

后来油女志乃父子及其族人出现在小南面前，油女一族是木叶低调且强大的秘术家族，他们用查克拉饲养的寄坏虫可以啃食小南的式纸之舞，算是比较克制。但小南使出纸分身，并在其中夹杂了起爆符，瞬间消灭了大量虫子，油女一族的人如临大敌。

这时佩恩已经从纲手的助手静音身上获得了情报：“鸣人在妙木山”。于是小南撤退了，他们没有必要在这里浪费时间。但临走前，佩恩给木叶留下了一份“大礼”。

不知是长门心存对木叶忍者杀死他父母的仇恨，还是只是想让木叶感受一下雨隐村长期遭受的痛苦，他控制佩恩天道释放了一个超大型神罗天征。尽管这次小南试图阻止他，但长门却听不进去。神罗天征几乎将木叶夷为平地，只剩了一面火影岩。

这时鸣人学成仙术归来，与佩恩进行了激烈的战斗，最后他击败了佩恩天道，并通过长门用来控制佩恩的黑棒，逆向找出了他们的藏身之处。这是小南用神之纸者之术伪装的一棵大树，鸣人终于见到了长门，这个杀死自来也师傅、卡卡西老师，摧毁木叶村的罪魁祸首，同时也是自己的师兄。

鸣人和长门进行了惊天动地嘴遁较量，鸣人第一次在嘴遁中落入下风，面对长门“怎样消除仇恨”的质问，他无从作答。曾经木叶入侵过雨隐，现在雨隐摧毁了木叶，鸣人无比想要杀掉长门，为自来也、为村子报仇，但这样一来自己就和对方一样，成为了仇恨的连锁，正如父亲水门说的那样：“如果不消除仇恨，即使消灭了佩恩，还会有新的‘佩恩’出现。”错的不是眼前的这个人，而是无序的忍者世界。最后，鸣人凭借自来也留下的着作，以长门为原型所写的《坚强毅力忍传》反败为胜。听到鸣人说：“我会成为火影，然后也会让雨隐村得到和平！”长门知道，鸣人能够成为更好的自己。于是长门将梦想寄托在了鸣人身上，他用轮回天生之术复活了这一战中死去的木叶忍者。尽管小南知道这个术会耗尽长门的生命，但她没有过多的阻止，她知道长门要用自己的命，消除鸣人心中的仇恨。通往和平的桥梁，当年弥彦把这个使命托付给了长门，现在长门又将它交给了鸣人，而小南，她要继续成为新的桥梁的支柱，支撑鸣人。

长门死后，小南将他的遗体和弥彦的遗体带回了雨隐村，她并没有留在木叶，因为她是雨隐村的村长，她有自己的使命，也会用自己的方式帮助鸣人，那就是干掉对于鸣人来说最危险的敌人，晓的幕后主使，他们的合作伙伴，宇智波带土。

此时跟随长门和她的那一批晓组织成员全都死光了，小南只能独自对付带土，所幸角都给她留下了巨额财富，小南全都用来购买起爆符了。做好了充分的准备，她静静等待着带土的到来。

在第四次忍界大战前，带土来到了雨隐村，想要取回长门身上的轮回眼，小南假装带领带土去找遗体，把他引到了自己准备好的陷阱中。小南：“我知道你会来找我，等候多时了，只为结束你的生命！”带土说：“我不会手下留情，晓组织不原谅背叛。”小南轻笑道：“晓是弥彦创立的组织，你不过是窃取了它而已”。

说罢，小南展开攻势，但她的攻击却穿透了带土的身体，小南并不惊讶，作为曾经的同伴，她对带土的写轮眼了如指掌，她知道神威的虚化能力最多维持5分钟，如果要使用空间转移的能力，则身体必须实体化。小南张开双翼，用大量纸片覆盖了带土周围的空间，冲到他面前，带土一手抓住小南，想要用神威将她吸入，却发现周围的纸片中混入了起爆符。小南是故意被他抓住的，诱使他实体化的瞬间，小南引爆了起爆符，仅一个回合，带土就被炸了个灰头土脸，甚至断掉了一条手臂。

带土：“我太小看你了，毕竟你也是前‘晓’的成员。”而小南也被炸去了大半个身体。不过只要神之纸者之术没有解除，她的身体就可以重构，有些类似秽土转生的修复能力。

没有给带土喘息之机，小南发动了陷阱，“你是黑暗，在没有光明的世界，花朵只有枯萎！”带土脚下的海水竟一分为二，变成了无底深渊，原来这片海域竟然是小南的神之纸者之术伪装的，而构成它的，是足足六千亿张起爆符。《阵之书》里写到，神之纸者之术的伪装，就连万花筒写轮眼都无法看穿。

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